藻类植物对水源是一大危害。怎样去藻也是一个值得思考的问题。水源的富营养化是指湖泊等水体接纳过多的氮、磷等营养物，使藻类以及其他水生生物过量繁殖，水体透明度下降，溶解氧降低，造成湖泊水质恶化，从而使用湖泊生态功能受到损害和破坏。 与生物处理联用可以更充分地发挥各自对有机物的去除能力。
藻类致臭：水中产生臭味的微生物主要是放线菌、藻类和真菌。藻类产生的臭味用常规净水工艺很难去除。
藻类产生毒素：某些藻类在一定的环境下会产生毒素，这些毒素对健康有害。藻类和有机物是消毒副产物的前体物：水中有机物是产生消毒副产物的母体物质，在热源消毒过程中会产生挥发性较强的三卤甲烷，而且会产生危害更大的卤乙酸等卤代有机物，使饮水安全性下降。
臭氧是一种强氧化剂，容易与水中有机物的—C=C—双键反应。臭氧发生器与有机物反应的结果通常使有机分子量变小，芳香性消失，极性增强，可生化性提高。基于臭氧发生器与有机物反应的这些特点，臭氧发生器在给水处理中可以起到除臭、脱色、去除藻类等多种作用。
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